1952年情人节，美国国务院护照处给鲍林的一份便笺上写道：“……政府将不向你颁发护照，因为您提议中进行的旅行不符合美国的最大利益。”
自从1950年国内安全法通过以来，政府有权拒绝不同政见者出国旅行的要求，护照就成了另一种政治上使用的武器。护照处的希普利是一个狂热反共且事事都要讲安全意识的人，在1951年5月以后的一年时间里，她的办公室就禁止了三百多名美国人出国旅行，其中有美籍非洲裔歌唱家保罗·罗伯逊和病毒学专家萨尔瓦多·卢里安。受到怀疑的外国人则得不到进入美国的签证，致使国际会议的组织者处于非常尴尬的境地。
希普利认定“有足够的理由相信鲍林博士是一个共产党人”。鲍林致信杜鲁门，要求“纠正这一做法”，并且说，“我是一名忠诚自觉的美国公民，从没有从事过有损于国家利益或违纪的活动”。总统秘书称，这纯粹是护照处的决定，白宫已经要求重新审核。但希普利却毫不动摇。
英国皇家学会会议定于5月1日举行，时间已经非常紧迫。4月21日，鲍林和夫人爱娃亲自上访护照处。希普利明确示意拒发护照的决定是她亲自作出的，争论下去将毫无意义。安全和领事事务科科长要求鲍林提供能表明自己不是共产党人的书面证据。鲍林请人连夜航空邮寄有关的文件资料，于第二天送达。得到的回答是，他们会尽快作出决定，至于什么时间则无可奉告。
鲍林甚至设法让国家科学院院长写了一信。然而，这一切仍无济于事。4月28日，能将他送到伦敦的最后一次航班离起飞只剩两个小时了，他收到了最终决定，他的护照不予签发。鲍林致电英国皇家学会，说他已无法出席以他的名义召开的那次会议。
英国人简直不敢相信这是事实。一位与会者后来说：“大家都非常震惊，美国国务院的做法真是愚蠢之极，令人气愤。”
会上，美国国务院科学顾问乔·科普夫里受到一群英国科学家的围攻，同声谴责美国政府的旅游政策。伦敦《工人日报》载文：“笼罩着科学家的铁幕”。
《纽约时报》发表题为“鲍林博士的两难处境”的社论，要求对政府的护照政策进行反思。爱因斯坦也致函国务卿艾奇逊提出抗议，并致信鲍林：“您为争取旅行权而进行的斗争将功不可没”，“像您这样一位独立思考的人，同时受到美国官方和俄国官方的无理对待，这是一件意味深长的事，在某种程度上也是一件滑稽可笑的事。”
有五六名美国参议员和众议员要求有关方面澄清这一事件。
国务院高层官员深入地议论了鲍林的案子，决定尽量避免把事情闹大。希普利的意见遭到否决，鲍林可以领到带有限制条件的护照——只适用于在英国和法国的短期旅行，他还必须签署一份宣誓书，否认自己是共产党员。这事将不公之于众，官方的口径是：“新的证据”使情况发生了变化。
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